长期做雾化有危害，雾化吸入可以将药液和起雾打成很小的雾滴，直接被吸入气管及支气管，所以治疗效果是比较好的，但是雾化吸入不能长期进行，会导致气道敏感度增加，容易发生气道过敏。
一般情况下，婴儿雾化可能会出现药物过敏的情况，以及药剂残留在口腔，进入消化道带来不利后果，或导致婴儿出现心理问题等。具体分析如下：
通常来讲，婴儿雾化主要用于止咳、平喘、降低气道炎症反应、局部抗病毒治疗等。当然也可能会出现一些副作用，比如一些婴儿可能会对雾化药物过敏，特别是雾化面罩过敏，导致唇部出现红疹、红肿等情况。此外，由于婴儿不会漱口，残留的药物会进入消化道吸收，长期积累会造成副作用。在雾化治疗过程中，婴儿可能会出现哭闹、烦躁等心理问题，可能会导致婴儿眼周皮肤表皮出血，甚至出现恐惧等心理问题。
长期雾化可导致身高发育迟滞、骨密度异常、白内障、骨折等副作用，但长期雾化的副作用的发生率较低。6岁以上的哮喘患儿要坚持2年以上的雾化治疗，而药物剂量以控制好症状的最低剂量为宜，患者应遵从医嘱，规范用药，避免副作用的发生。
通常情况下，小儿咳嗽雾化常用的药物主要包括布地奈德雾化溶液、沙丁胺醇雾化溶液、沐舒坦雾化溶液等，并且这些雾化药物可能会具有一定的副作用，如布地奈德雾化溶液主要属于激素类药物，可以起到兴奋作用，进而引起孩子睡眠不安、不易哭闹等症状。如果宝宝没有漱口，容易导致局部药物残留，出现鹅口疮等症状。并且使用沙丁胺醇雾化溶液可能还会导致出现震颤、头痛、恶心、过敏等副作用；使用沐舒坦雾化溶液可能会导致孩子出现胃肠道症状，如恶心、呕吐、食欲下降等，也有少部分孩子可出现过敏的症状，如皮疹、腹痛等。
一般来说，婴儿做雾化吸入的安全性还是比较高的，有副作用。
雾化吸入属于外用的一种手段，对于儿童的全身影响非常的小。但是如果操作不当，婴儿做雾化也有一些副作用的发生，可能会引起口咽部的红肿，导致儿童暂时性的咳嗽加剧；引起儿童口腔部位真菌感染，糖皮质激素可以抑制儿童的免疫功能，如果在儿童做雾化之后，没有及时的给儿童漱口，就会导致儿童发生口腔部的真菌感染。