疼痛期主要表现为牙痛，咽痛和口腔溃疡。
水泡期口腔黏膜的任何区域均可出现簇状小水泡，仿佛针头那么大，尤其在乳磨牙龈缘附近更甚，泡壁通透，粉碎后形成浅表溃疡。溃破后有少量脓性分泌物流出，疼痛难忍。糜烂期时水泡少，而汇集成簇、溃破后则可造成大范围糜烂。恢复期，在口腔溃疡和粘膜充血水肿消退后，复盖一层淡红色或白色假膜。愈合期全程需7~10天，糜烂面渐渐萎缩痊愈。
疱疹性口腔炎可能会传染。
疱疹性咽峡炎、疱疹性口腔炎、手足口病都是由病毒感染引起的，病毒一般以肠道病毒为主，临床上很难鉴别，需要通过病毒抗体进行鉴别。这种病毒感染引起的疾病具有传染性，需要进行抗病毒治疗和对症治疗。注意口腔卫生，饮食清淡，多喝水，一般一周左右即可痊愈。如果持续高热或者精神状态不佳，建议患者及时就医。
如果是单纯的疱疹性口腔炎，需要及时进行有效的处理，一星期后即可完全康复。
采用一种抗病毒疗法，疱疹性龈口炎是由于单纯疱疹病毒所致的口腔病变，粘膜会产生大量的充血水肿，形成大量的小水泡。如果是破溃的患者，出现了细菌感染，会导致伤口的恢复速度延长，所以要养成良好的生活习惯和饮食习惯，避免食用一些易引起上火的食物。
疱疹性口腔炎和口腔溃疡不是一样的。
疱疹性口腔炎以病毒感染为主临床主要表现为口内反复出现大小不等的脓疱。口腔溃疡为口腔粘膜出现表浅性溃疡，尺寸可以是米粒到黄豆那么大、呈圆形或卵圆形，溃疡面呈凹状，四周充血。其发病与饮食有关，多由食物刺激引起，也有因情绪激动而诱发。溃疡是周期性的、具有复发性和自限性的特征，多发于唇部，颊部和舌缘。
疱疹性口腔炎的临床表现有发热。发病时，发热可高达38°C~40°C，通常在1~2天后出现齿龈，唇内侧及舌部、颊粘膜及其他部位口腔粘膜上发生单个或簇状小疱疹，其直径约为2mm，四周发红，很快溃破成溃疡，被黄白色纤维素性分泌物，数个溃疡可以融合为不规则大溃疡，有时软腭，舌，咽部受累。建议患者及时就医，在医生的指导下对症使用药物或者采取手术进行治疗。