新生儿巨细胞病毒感染有宫内感染、围产期的感染两种。
1、宫内感染，即母亲在子宫中感染了巨细胞病毒，这种胎儿有可能会流产，也有可能是死胎。新生儿也有可能会出现神经功能方面的问题，或者是神经系统受到了伤害。
2、围产期的感染，这是由于围产期的宫颈、产道的逆行感染所致，有些孩子不会表现出明显的临床表现，有的孩子会出现呼吸系统和肝脏的损伤。
新生儿风疹病毒感染的治疗方法有一般治疗、药物治疗等，具体分析如下：
1.一般治疗：留意治疗发高烧、头疼、干咳和病症。有显著出血倾向的人可以试着使用肾上腺生长激素治疗，或是在有必要时推送新血或血细胞来操纵出血。
2.药品治疗：常用药物有乙酰氨基酚和棘籽硼酸溶液，乙酰氨基酚属于清热止疼药，可以降低寻麻疹病毒感染造成的发高烧、头疼、关节疼等病症；棘籽硼酸溶液具备消肿止痛功效。
新生儿巨细胞病毒感染的症状主要有：
一、先天性感染。感染后的胎儿除了流产、死产外，约有5%的活婴，有典型的多系统多器官脏器受累。
二、围生期感染。主要是分娩时经过产道感染、经宫颈逆行感染、产后哺乳感染等。出生时没感染症状黄疸，主要有紫癜、早产、脑积水、肝脾肿大、小头畸形、体重过轻、脉络膜视网膜炎、脑积水、脑组织钙化、低钙惊厥、小儿畸形、皮肤瘀斑、脑组织钙化等情况。
病毒感染后在潜伏期、病毒血症期过后，因不同病毒致病机理不同、与器官组织亲嗜性差异、感染后病理损害和后果各异。但普遍存在如下变化：
1、溶细胞性感染：使被感染的细胞溶解坏死细胞的作用完全消失。
2、诱发免疫病理作用：。细胞毒性T淋巴细胞是对感染细胞的一种反应，通过各种细胞因子的作用导致感染细胞死亡。
3、细胞的转化作用：某些病毒感染细胞后，导致细胞增值增强。
4、潜伏与启动：有的病毒感染后长时期潜伏于组织细胞中，积极抵抗力下降时病毒复制又恢复活力。
5、不断带病毒状态：病毒可在机体内复制，而不会导致明显的病变及临床表现。
新生儿单纯疱疹病毒感染可采用隔离、避免搔抓等常规疗法，并与阿昔洛韦、万乃洛韦、泛昔洛韦、炉甘石洗剂等抗组胺药联合用药。具体是这样的：
一、总体治疗
1.儿童应在所有的皮疹结痂和干燥前进行隔离。
2.患儿发热时要多注意休息，多饮水，多进食易消化的食品，注意保持皮肤的干净，避免抓破疱疹，要剪短指甲，并在手指上缠上纱布。
二、药物治疗
1.阿昔洛韦是治疗新生儿单纯疱疹感染的首选药物。
2.泛昔洛韦、万乃洛韦具有较高的生物利用率和较好的疗效。
3.如果有皮疹，可以外用炉甘石洗剂或者是口服抗组织胺药。
4.如果疱疹破裂或继发感染，可以在局部涂抹抗生素。三、手术治疗不需要手术。
巨细胞病毒的感染分为先天性感染（宫内感染）和后天性感染；新生儿生后两-三周以内血清巨细胞病毒IgM和DNA阳性，一般判断为宫内感染。宫内感染主要会影响宝宝听力。宫内感染往往问题很多，而后天感染一般没有症状。