确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
附件巧克力囊肿需要做手术治疗。如果囊肿不是很大，症状也不明显，没有明显的痛经，暂时可以保守治疗，可以口服避孕药或者宫腔内放置环。如果有生育要求，是手术治疗后进行用药，然后积极的备孕。如果仍然不能怀孕，就需要做试管婴儿。
一般附件巧克力囊肿，治疗方法，有两种，一是保守治疗，二是手术治疗，医生会给病者制定适合病者的那种治疗方法，目前来说，对于一些病者采取手术治疗是好的治疗方法，尤其是，哪种比较大的，完全可以用，微创手术来达到治好的效果。
处于疾病的急性期，都要选择抗生素治疗，也要依据实验结果准确用药。中医药治疗方面有针灸、敷药，而且，中医药灌肠治疗可以使药物直达盆腔，对炎症的吸收，治疗效果比较好。手术治疗是保守治疗，如果效果不理想，并且B超检查提示盆腔有明显的脓肿、包块，可以选择手术治疗。
附件炎是由病原体引起的输卵管和卵巢的炎症，临床上常与盆腔炎或腹膜炎合并发生，可分为急性附件炎和慢性附件炎两种，患了附件炎可选择抗生素治疗和手术治疗，抗生素治疗临床常用广谱类抗生素或针对病原菌的抗生素。手术治疗临床常用腹腔镜手术。除此之外，慢性附件炎若使用抗生素治疗效果不佳时，还可采用物理疗法或中医疗法。
囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。