腱鞘囊肿部分可以自愈，有一部分严重的不能自愈。
肌腱囊肿与腕部的过度疲劳、或是长期患有关节炎等相关的病症有关，其中腱鞘囊肿与其它的病症相比具有自我修复的趋势，一些不需要进行有效的处理就会自行消失。腱鞘囊肿并不是特别的严重，可以通过推拿来减轻肿痛。如果病情加重，并且腱鞘囊肿过大后很难恢复，并且会造成更大的损伤。
因此，如果是不能自行消失的腱鞘囊肿，可以通过针灸和外科的方式来进行，而外科治疗通常是用于针灸来解决无效的。
骶管囊肿是很难自愈的。骶管囊肿的囊内主要是含有脑脊液。进入囊内的脑脊液比较多，而返流回硬脊膜囊腔的脑脊液比较少，所以骶管囊肿常常会有进行性的增大和压力增高的趋势，很难自愈。
睾丸的囊肿一般是不可以达到好的治疗效果，睾丸囊肿往往和附睾炎等有直接的关系。可以考虑及时到医院做一个睾丸的彩超检查进一步的明确。平时要注意饮食清淡，尽量的多饮水。
通常颌骨囊肿可不以自愈。
颌骨囊肿可能不会出现明显的临床表现，也不需要特别的处理，只要坚持做好常规的检查和观察就可以了。但是部分患者患有下颌骨囊肿后，会出现面部肿胀、面部畸形、牙齿位移等情况，伴随局部有疼痛不适，要及时进行外科治疗。术后要注意伤口的干净，同时要及时更换药物，并尽量不要接触到水分，伴有感染时可遵医嘱用药治疗。
一般情况下，骶管囊肿是一种囊状的囊状液体，它在骶尾部的硬脊膜囊的破裂中产生。骶管囊肿在临床上是很难根治的，大多数病人在中午、下午长时间久站、久坐都会出现严重的问题。一般采用仰卧姿势，尤其是仰卧式，可以暂时减轻疼痛。
由于骶管囊肿和硬脊膜囊之间有一个单向的阀门，所以很难完全治愈。因此，大多数时候，腰椎囊肿就像是一个很容易愈合的囊袋。如果有明显的临床表现，可以通过神经外科的方式来去除囊肿。
甲状腺囊肿一般不可以自愈。
甲状腺囊肿能不能自行愈合，要看其有没有多发性，结节的尺寸，结节边缘有没有钙化。甲状腺囊肿也就是所谓的囊性结节，它主要是由于甲状腺肿结节或者腺瘤的退行性变性而形成，里面包含着血液或者是微混液体，与周边界限清晰，质地比较坚硬，没有任何压迫感，核素检查提示为冷结节。少部分病例是由先天性的舌骨或第四鳃裂症所引起。对于甲状腺囊性结节，要考虑有没有多发性，有没有肿块，有没有钙化，如果有囊性结节，可以进行定期的检查，一般不会自己消退。
