胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
其实两者的差别不大，无论是胃镜还是食管镜，都需要经口进入食管，或者是胃。
食管镜或胃镜进入到胃部后，反应的症状没有开始时明显。每个人的反应程度不同，如果担心出现胃部不适、恶心、呕吐等情况，可考虑进行无痛胃镜或食管镜检查。如果患有上消化道疾病，胃镜检查，直观准确，诊断率高。而且，现在的胃管较以前的更人性化，没有想象中的痛苦。
做电子胃镜比电子喉镜更痛苦些。电子胃镜是由口内下到胃里，再上拖，非常痛苦。如果是咽喉的炎症，做喉镜就行了。如果检查食管和胃的疾病，可以做胃镜。
检查喉镜时间更长，检查时间喉镜要比胃镜短的多，价格也少的多。虽然现在很多医院已经开展无痛胃镜检查，但麻药过后还是有点难受。
建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
