口腔溃疡的治疗主要是促进愈合，减少复发。促进愈合的治疗，主要有两个方面，一是预防感染，可以含漱抗感染的漱口水。二是促进黏膜修复，局部应用生长因子喷雾剂贝复剂，副作用较小效果好。特别是深大溃疡，长期不愈合的效果肯定；促进黏膜修复也可以局部应用激素，激素副作用较大，不能长期使用。减少复发，主要是西药调理免疫功能，中医中药辩证调理。局部减少创伤，防止形成溃疡。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素，并且服用消炎药物。
出现口腔溃疡之后，如果想快速的治好，还应该注意用一些消炎药对治疗口腔溃疡，见效快，更可以帮助病人消炎止痛，引发口腔溃疡之后，更应该注意少吃辛辣刺激的食品，更应该注意保持饮食清淡，定期的漱口，这样才可以帮助更好的治疗，也可以帮助缓解病情。
治疗口腔溃疡最重要的是确定病因，精神因素导致的口腔溃疡，病人要缓解一下精神紧张、注意休息；病毒感染造成的口腔溃疡肯定是抗病毒治疗，病人可服用清热解毒的中药；创伤造成的口腔溃疡，如残根残冠导致的褥疮性溃疡，那需把残根残冠拔除。
复发性口腔溃疡可以通过以下方式进行治疗：
1、注意口腔卫生。每次吃完饭之后清水漱口，也可以用漱口液漱口，防止食物残渣的残留继发感染。
2、患者可以用炎松软膏涂在口腔溃疡表面，或是用0.1%高锰酸钾液，或者是用3%复方硼酸液漱口，这样也能够促进口腔溃疡的愈合，金霉素药膜或者是氯己定药膜涂在或者是贴在口腔溃疡的表面，同样也能够促进口腔溃疡愈合。
3、在日常生活中，要注意清淡饮食。
口腔溃疡可服用抗炎药物可有效缓解溃疡症状，口腔溃疡是因为人体口腔表面细菌分布过多，导致舌体、口腔内部发生炎症反应引发口腔溃疡，适当服用抗炎药物可有效抑制细菌滋生。