使用漱口水时，先用清水漱口，用力反复几次，尽可能多得清除口腔食物残渣，然后再含10毫升左右的漱口水，类似这样的方法在口腔反复几次，时间维持一分钟左右，然后就不需要用清水二次漱口了。
会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
用漱口水后仍需刷牙，漱口不能代替刷牙，只能作为口腔护理的辅助用品，无法彻底清除牙面上的菌斑及细小缝隙中残留的食物，不能完全发挥预防龋病的作用。治疗型和保健型漱口水使用前最好向医生咨询，抗菌成分的漱口水不适宜长期使用，容易引起口腔菌群的失调，引发一系列的口腔黏膜疾病。每天早晚2次刷牙非常必要。
孕妇在怀孕期间，由于体内激素水平的升高，往往60%以上的孕妇会出现牙龈的水肿，感染牙龈炎，牙周炎的机会相对增多。在刷牙的时候往往会出现出血的现象，所以这种孕妇往往选择漱口水，所以孕妇是可以用漱口水的。但是要孕妇使用好的漱口水，也可以到口腔门诊去购买专业的漱口水。
患有牙周炎之后经常使用漱口水确实有一定的作用，但是平常应做好口腔的清洁，而且应该把口腔里面的食物残渣全部都给清理干净，必要时可使用牙线清除，这样可防止牙菌斑的出现。因为多数的患者在出现牙周炎之后，考虑是由于牙菌斑引起的，而且在治疗牙周炎时，应及时到医院牙科诊所去除牙齿上的牙结石，然后再解决牙周炎的问题。