临床所见口腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食、语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。其治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。
口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡可以饮食清淡易消化一些多喝水，口服一段时间维生素改善症状。口腔溃疡是口腔科常见的黏膜性疾病，可反复发作。口腔溃疡与自身免疫状况、周围环境、水土情况及自身遗传因素有关。
反复口腔溃疡，通常2周自愈，局部可用止痛类药物，进行消炎、止痛，促进溃疡愈合。其次是自身免疫性疾病引起的口腔溃疡，可以采取免疫抑制剂，同时口服维生素，从而维持正常代谢功能，促进疾病愈合。
多采用局部治疗，同时结合全身的治疗，延长间歇期，缩短发作期，缓解疼痛。局部治疗以消炎止痛为主，促进愈合防止继发感染。局部可以使用消炎类药物进行治疗。对于经久不愈或者严重疼痛的溃疡，也可以进行粘膜下封闭注射。
出现口腔溃疡需要补充维生素。口腔溃疡可能是精神因素导致的口腔溃疡、病毒感染造成的口腔溃疡需要是抗病毒治疗，创伤造成的口腔溃疡，烫伤造成的口腔溃疡，有针对性的进行补充。