小儿发烧灌肠对于孩子的伤害，直肠内有它固定的生理环境，这样会造成直肠内的微环境的影响。如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。其次是肠道内还有很多的细菌，很可能会随着灌肠液进入到肠道深处，造成污染，尤其是一些抗生素灌肠液，有可能会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。小儿发烧灌肠危害很多，所以给小儿发烧灌肠，一定要特别注意要综合评估小儿的整体状况看是否可以耐受。遵循医嘱，尽可能的采用物理降温疗法，或者服用一些小儿退烧药物，尽量不采用灌肠的方式。
一般情况下，半岁宝宝发烧使用灌肠方法是比较好的。
灌肠一般是使用生理盐水、抗生素、抗病毒药、激素或中药及中药注射液等，通过直肠给药达到降温的目的，灌肠主要是通过直肠吸收药物，对全身的副作用很小，而且直肠黏膜血液旺盛，吸收能力强，药物能快速吸收。并解决了小孩吃药难，打针痛的问题。建议一天灌肠一次即可，防止多次灌肠引起肠黏膜损伤，继发引起腹泻。
一般孩子发烧，不建议灌肠降温，因为直肠有固定的生理环境，若多次使用药物灌肠，可能会破坏直肠的酸碱度从而损伤肠道，肠道内还有很多细菌可能会随着药物进入肠道深处，从而造成进一步的感染，同时药物也有可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调。
直肠黏膜皱褶少，无绒毛，吸收面积小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量特别有限。另外，灌肠也不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。
婴儿发烧灌肠可以退烧，但是孩子年龄太小一般不要灌肠。有发烧的现象，可以物理降温，食物要清淡，多喝水，可以用点药物治疗。平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。