肛周脓肿手术后疼痛要一周。康复大约还需要两周，三周后差不多可以上班了，工作虽然重要，但是身体更重要，期间可应用抗生素抗感染治疗，局部加强换药。疼痛时配合口服止疼药物。也可配合清热解毒的中药，饮食上避免辛辣刺激性食物。
肛周脓肿切口感染了可以用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔.必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流。
肛周脓肿的主要病因为肠道菌群失调和机体免疫力下降。该病的病原体为肠道内细菌，致病菌经肛窦侵入，于肛腺内引起感染，发生扩散，此为感染途径，最后的发病部位为肛周间隙，即形成肛周脓肿。
肛周脓肿是指直肠、肛管或其周围空间软组织急性化脓性感染形成的脓肿。如果脓肿破裂，反复感染后很容易形成肛瘘。脓肿是急性肛周炎症的表现，而肛瘘是慢性肛周炎症的表现。肛周脓肿通常是由肛腺感染引起的。由于肛窦开口朝上，当腹泻和便秘发生时，很容易引起肛窦炎症，进而感染。肌肉间隙感染发生在肛腺受累后，最终形成肛周脓肿。
一般术后一个月左右伤口可以长好。脓肿术后需要每天肛门用清热解毒、然后摸药膏，定期换药。平时注意饮食，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果蔬菜，保持大便通畅。便秘、腹泻都有可能造成伤口水肿。一般术后十天左右伤口就没有什么感觉了，可以恢复上班，伤口长好需要一个月左右。