发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。
艾滋病毒早期，即艾滋病毒急性感染期的咽炎主要是嗓子疼、咽部充血，不会化脓；而普通人的咽炎除了病毒性以外，有很多细菌性咽炎，会导致咽部充血、嗓子疼、化脓。而艾滋病发病前，可能出现包括普通人会感染的细菌性咽炎。所以通过咽炎无法确定是不是艾滋病。
急性咽炎的症状有起病急，会出现咽干发热、疼痛等症状，吞咽唾液时咽痛比吃饭时更严重。慢性咽炎的主要症状是咽部不适、分泌物多、灼痛、有异物感、吞之不下。这些症状在说话稍多、食用刺激性食物后、天气变化时加重。喉癌症状有疼痛，表现为吞咽时疼痛，长时间不好。出现表面溃疡出血时，同时会有痰中带血。在下咽部位肿瘤持续增大会阻碍食物通过。
反流性食管炎会导致咽喉部不适、发干、疼痛等不适，可以采取抑制胃酸、促进胃动力等措施来缓解。以上的表现可以见于咽喉部，但是口服抑制胃酸和促进胃动力的药物。喉咙痛、烧心、反酸、胸痛等表现可能是反流性食管炎所致，需要到消化科就诊。改善居住环境卫生，保持室内干净，定时通风。养成良好的个人卫生习惯，饭前便后勤洗手。注意饮食卫生，不吃生冷或不干净食物。
支气管炎和咽炎的区别是属于上呼吸道感染和下呼吸道感染。咽炎的症状主要表现为咽部有不适的症状，比如出现干燥瘙痒疼痛等，而且还可能会有异物感，如果有刺激性的食物摄入就会出现咳嗽的情况，如果情况比较严重，还可能会出现头痛发热等全身症状。支气管炎主要是由于病毒感染所引起的支气管粘膜受到损伤支气管炎的患者咽部症状不是特别的明显。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。
