不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
扁平疣的最佳治疗方法是皮下埋入术。皮下埋入术是一种有创性的治愈，能够让身体产生一些对于人类乳头瘤病毒的抗体，使身上已经生长的扁平疣自行的吸收或者脱落。
扁平疣的治疗方法有药物治疗，物理治疗，可以按照医嘱进行治疗。扁平疣是一种由疣病毒感染引起的良性皮肤赘生物。主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素。
扁平疣是一种由人类乳头瘤病毒引起的常见病毒性皮肤病。全身感染时可出现在脸部、四肢、躯干等处，部分凸起于皮肤上。扁平疣的治疗方法是相对扁平疣的症状和数量而定的，如果数量少，可以用激光、冷冻或者化学剥脱剂进行治疗。注意如果是面部扁平疣，尽量避免用化学剥脱剂，因为容易引起色素沉着。采取激光或者冷冻治疗后，可适当运动提高免疫力，减少日晒，避免辐射，保持良好的生活习惯。
扁平疣较好的治疗方法就是综合治疗即首先采用物理方式，如冷冻、激光等，去除疣体，再使用抗病毒药或免疫调节剂，最终达到比较好的治疗效果。其中，扁平疣的治疗主要有两种方式，一种是物理治疗，包括冷冻和激光治疗，冷冻治疗在临床上营养比较快捷、便宜。另一种是外用药物治疗，主要是抗病毒药和免疫调节剂。