衣原体感染可以通过口服药物、静脉注射等方式进行治疗。
1、药物治疗：如果发现有衣原体感染，可以在医生的指导下口服罗红霉素胶囊、阿奇霉素分散片等抗生素进行治疗。
2、静脉输液：如果病人的情况很严重，光靠上述方法是无法缓解的，可以通过静脉输液来缓解。
理论上来说支原体或者衣原体感染属于非淋球菌性尿道炎可以选择大环内酯类的药物治疗。治疗期间不能有性生活。平时注意休息，饮食宜清淡，避免辛辣和油腻，避免情绪激动和劳累。必要时可以去医院去进行相关的诊断，进行进一步的确定与治疗。
衣原体感染两年了可以通过药物治疗来改善，还需要进行生活护理。
可以采取抗生素治疗，主要是口服大环内酯类抗生素，比如红霉素，或者是喹诺酮类抗生素，比如左氧氟沙星等，可以起到消炎、消毒的效果。多喝开水或者是喝稀饭，可以促进身体的新陈代谢，对咳嗽等症状也有一定的帮助。保证充足的睡眠，身体是有自我修复能力的，充足的睡眠对身体的康复是非常有益的，可以起到一定的辅助作用。在日常生活中要避免吃辛辣刺激的食物。
支原体和衣原体感染是一种性传播疾病。女性感染支原体和衣原体后，一方面容易引起非淋菌性尿道炎，另一方面容易引起宫颈炎和阴道炎，出现白带异常、外阴瘙痒等症状。这种现象需要抗生素进行抗感染治疗。在正常生活中，应该注意不要吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜蔬菜和水果。
衣原体感染要看是哪个部位，如果是肺部衣原体感染，那么多表现为咳嗽，干咳等感冒症状。对于肺炎衣原体感染治疗上主要以氨基糖甙类抗生素为首选药物。另外可以应用止咳药物对症治疗，多饮水，多休息，多吃蔬菜水果。
首先要明确是哪一个部位的衣原体感染，是消化道、呼吸道，还是泌尿系衣原体的感染。无论是哪一个部位的衣原体感染，都需要抗衣原体治疗。抗衣原体治疗如果在药敏实验没有出来结果之前，要根据临床经验选择对衣原体比较敏感的抗生素。
