大多数肛周脓肿起源于肛腺导管的阻塞伴细菌繁殖和脓肿形成，缺乏波动感时应延迟引流。治疗应包括脓肿的切开引流和防止切口假愈合而导致急性复发。切口宜适当，置管引流或挂线。肛瘘术前常用挂线控制局部感染。很多肛周脓肿在门诊容易治疗，但复杂性感染需在麻醉下检查以确保适当引流。
肛门脓肿主要来自于肛腺感染，可能与自身免疫力弱，解剖结构异常，排便习惯不良有关系，大便次数过多，大便不成形，或者是大便干燥，都可能是肛周脓肿的诱发因素，一旦诊断明确，肛周脓肿形成时应当及时手术治疗。
用干净的棉花或软布将水吸干，不要擦肛门，这样就能大大减少外翻直肠粘膜的损伤，达到预防肛瘘的目的。一旦发生肛瘘则应及时去医院采用外科手术或挂线疗法治疗，绝大多数病人在短期内就可治疗。
肛周脓肿治疗一定要选择到正规的医院接受治疗。由于多数肛周脓肿是需要手术切开引流的，要注意一些肛周脓肿的治疗禁忌。微创肛周脓肿手术是借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确找到全部内口，有效避免漏诊、漏治。平常要吃含纤维素多的食品，尽量的少吃辛辣刺激性的食物。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。
