菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
通常情况下，吃了益生菌拉肚子可能是胃肠功能紊乱、肠道菌群失调等情况导致的。
益生菌可以调节肠道菌群，如果肠道功能紊乱或者肠道菌群失调，则说明肠道中含有大量的有害菌，益生菌等有益菌进入肠道后，会与有害菌进行抗争，导致腹泻，通常一两天后，菌群就会恢复正常，这是益生菌的调节作用。另一种是消亡反应，人体突然进入某种细菌后，会产生一些副作用，通常一到两天会逐渐消失。
如果吃益生菌后出现拉肚子的症状，主要考虑是本身有一定的肠炎所导致的。要注意孩子的肠道对于益生菌敏感性增强，可能会导致腹泻的产生，所以要考虑过敏因素，还要考虑是不是本身就存在肠道感染的情况下，而出现腹泻的可能性，应该进行大便常规检查，确定一下。平时尽量不要服用益生菌来进行治疗，可以换用一些其他种类的药物。
拉肚子的时候可以吃益生菌。益生菌有利于恢复肠道菌群生态平衡，控制腹泻，增加益生菌的数量能抑制肠道致病菌的生长繁殖，限制条件致病菌的生长。应用益生菌对感染性腹泻特别是病毒性腹泻有明显的疗效。对于慢性腹泻患者，可以使用活菌制剂进行治疗。需注意的是，益生菌和抗生素不能同时使用，因为很多抗生素都有抑制或杀灭益生菌的作用。
益生菌吃多不会拉肚子，因此不用过于担心。
益生菌是不会引起腹泻的，其作用是调节肠道的机能，可以有效地缓解便秘和拉肚子。而且，益生菌是一种有益的细菌，可以调节人体的菌群，同时也可以保证生产的安全性。吃多以后腹泻，不一定是吃了益生菌，而是肠胃受寒，或是有肠炎，需要去消化内科进行大便常规化验。在日常生活中。需要养成良好的生活习惯，避免过度劳累。
拉肚子时要多喝益生菌，益生菌能抑制腐败菌的生长，促进益生菌发挥作用，调节肠道菌群，保护胃肠粘膜，改善拉肚子的症状。若症状较为严重，患者可以在医生指导下服用诺氟沙星胶囊或多潘立酮片等药物来缓解症状。在日常生活中要养成良好的饮食习惯，不要吃刺激性食物，以免加重病情，同时还需适度进行锻炼，有助于提高身体免疫力。
