经过及时治疗，病毒性脑炎通常不会有后遗症。
大部分的病毒性脑炎，如果能够及早发现，及早治疗，通常都能收到良好的疗效。此外，还需要及时的做腰椎穿刺，尤其是少量的脑积液，用有针对性的抗生素或抗病毒药物进行治疗，一般不会留下任何的后遗症。但如果治疗不及时，或采用了错误的治疗方法，则可能有后遗症，如失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害。
病毒性脑炎会有后遗症的，病毒性脑炎如果未及时治疗，会影响脑部脑实质，导致神经元出现坏死，从而残留有一些偏瘫，智力发育障碍等后遗症。出现偏瘫或者肌肉无力等后遗症，多是损伤脑部神经元所支配的肢体不能正常进行活动。这种后遗症没有特效药物进行治疗，只能持续多加进行康复锻炼，通过锻炼恢复肢体正常运动功能。
病毒性脑炎后遗症有很多种症状，因人而异，症状也不同，有的人会出现头痛发热有的还会出现嗜睡昏迷，有的还会出现呕吐恶心惊厥等症状，病人要去正规的三甲医院做一下全面的检测，积极主动配合治疗，以免耽误病情，减轻病人的痛苦。
病毒性脑炎主要病毒感染引起的病毒侵犯了脑部神经，只要接受正规合理的治疗，是不会留下什么后遗症的，如果病情比较重，就会有分泌抽搐的现象，就算经过正规的治疗也会有后遗症，就像说话不清楚，运动障碍，肢体瘫痪等。
病毒性脑炎后遗症，有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、耳聋、癫痫等神经系统的损害。有痴呆、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、攻击性行为、认知功能异常。有多汗、流涎等自主神经的功能失调。细菌性脑膜炎的后遗症比较严重，包括意识障碍、双侧听力丧失、运动障碍、癫痫、脑积水。有的病人症状比较轻微，遗留较轻的后遗症，包括行为问题、学习困难、肌张力降低、复视。
病毒性脑炎如果能及时治疗是没有什么后遗症的，但是如果治疗不及时，会严重危害儿童的身体健康，影响到儿童的智力发育，并会留下不同程度的后遗症，会造成孩子的记忆力减退、智力低下、癫痫或肢体瘫痪等。
