一般情况下，新生儿消化不良的原因可能是消化液分泌过少导致的，具体分析如下：
宝宝的肠道菌群没有得到很好的调节，消化液分泌不足，一日十次以上，出现大量的乳汁和哭泣。喂奶的时候可以将奶粉冲淡一些，数量可以适当的增加，少量的喂奶，同时要注意捏住奶嘴，防止发生吞咽引起的呛咳，如果宝宝的粪便数量比较多，可以用妈咪爱来调整肠道的菌群。
小儿初生时胃肠比较弱，吃的稍多就会出现胃肠消化能力有问题，可以用助消化的益生菌，可以在孩子吃奶时，适当喂些温水，有助于减轻胃肠负担，揉揉肚子，做操排气，孩子就容易消化了。
婴儿用母乳和配方奶粉混合喂养容易导致消化不良的情况，主要原因是婴儿的胃肠道消化吸收弱，对食物耐受差，还跟喂养不当有关。
此时建议尽量先母乳喂养，母乳喂养不足的可以一次母乳，一次配方奶粉，这样交替喂养。部分妈妈给孩子喂食母乳后婴儿没吃饱，接着喂养配方奶粉，这样容易导致消化不良。婴儿消化不良可适当药物调理，改变喂养方式。
新生儿的消化不良，如果大便里有奶瓣，一般是因为喝多了。因为婴幼儿的肠胃还没有完全发育，所以如果母乳喂养太多或间隔太短，会导致肠道内的营养物质没有被充分消化而被排泄出来。
牛奶是由未充分消化的蛋白质与食物中的矿物质结合而成。建议母亲随时注意宝宝排泄物的状况，如果在喂奶后仍有问题，应及时到医院检查，看看有没有肠胃方面的问题。
孩子的消化能力和孩子对营养的需求量不成正比，往往会导致消化不良症，建议服用相关的药物，适用于因肠道菌群失调引起的胀气、消化不良等，首先让孩子的饮食有规律并且符合体质。确保每顿饭适量不至于太多，确保食物不会含太多脂肪太过于油腻。