治疗衣原体和支原体的感染方式就是使用药物治疗。药物对治疗衣原体和支原体感染有比较好的效果。如果已经产生抗药性，只有采用手术的方法。手术能够比较彻底的清除衣原体和支原体感染，但是手术也有一个手术的风险。
衣原体为革兰氏阴性病原体，是一类能通过细菌滤器，在细胞内寄生，有独特发育周期的原核细胞性微生物，广泛寄生于人类，能引起人类疾病的有沙眼衣原体，肺炎衣原体。支原体并不侵入机体组织与血液，而是在呼吸道或泌尿生殖道上皮细胞粘附并定居。通过不同机制引起细胞损伤，如获取细胞膜上的脂质与胆固醇造成膜的损伤，释放神经毒素，磷酸酶及过氧化氢等。
衣原体属于原核生物，是不同于细菌，也不同于病毒的一种微生物，细胞内没有形成核膜的细胞核。这两种病菌感染以后，男性会形成非淋菌性尿道炎。支原体和衣原体是两种病菌，支原体又称霉形体，是当中发现最小的最简单的细胞，也是唯一一种没有细胞壁的原核细胞。
支原体和衣原体是两种不同类型的病原体，可以通过呼吸道感染引起肺炎，支原体性肺炎常见症状包括发热，厌食，咳嗽，畏寒，头痛，胸骨疼痛，严重的支原体感染会导致出现胸腔积液，呼吸困难等严重并发症。衣原体性肺炎主要是发热，咳嗽，干咳，头痛等症状，衣原体性肺炎的并发症一般很少。
支原体和衣原体是两种病原体，支原体比较小，衣原体相对来说是比较大的，它们主要是引起人体的泌尿生殖系统感染，衣原体还可以引起沙眼、肺炎、鹦鹉热这样一些疾病。平时注意空气质量。
衣原体感染主要的感染方式是性接触，还可以通过手部，眼睛以及接触感染者的衣物引起的感染，症状主要表现为男性的尿道刺痛，刺痒以及烧灼感，女性则主要累及宫颈，出现宫颈部出血水肿，衣原体对红霉素比较敏感。支原体感染主要累及呼吸道，出现支原体肺炎，症状主要表现为肺部呼吸道感染的症状，发烧，咽喉部疼痛等症状。