新生儿肠道畸形的症状有呼吸困难、呛咳、发绀、呕吐、腹胀、排便功能障碍即呼吸困难。与儿科某些疾病如消化不良、肺炎等相似，易于延误诊断。新生儿肠道畸形，根据不同的部位采用不同的手术方式治疗，除了小肠手术后影响营养吸收。
新生儿肠道感染、新生儿肠炎的病情还是比较重的。人体肠道内有许多细菌，这些细菌分为三大类：有益菌、共栖菌及有害菌，正常情况下，有益菌数量远大于有害菌，抑制有害菌的生长、繁殖，保证人体健康。而新生儿肠道内的细菌比较少，一旦有有害菌的侵入，没有其他的细菌的制衡，生长繁殖很快，容易引起败血症，容易引起坏死性的小肠炎等。
新生儿肠道畸形，并不常见，特别是以往的时候。现在随着医学的进步，及小儿外科的发展，很多新生儿都发现有消化道问题。消化道问题里面就包括消化道畸形，比如上消化道常见的疾病，有幽门肥厚、中肠的旋转不良。还有先天性巨结肠比较常见。这一系列的消化道畸形，实际上婴儿在母体里面有时候会有些征兆。
新生儿肠道畸形症状在早期时会出现频繁呕吐，且呕吐物里面是一些不消化的奶液，或者是隔夜的奶液，有馊味，这时要注意有先天性幽门肥厚；如果呕吐出来的胃内容物是胆汁样的东西，甚至是粪渣样的东西，即像大便一样的呕吐物，且小孩子伴有腹胀的情况，这时候要怀疑是中肠旋转不良；如果呕吐跟腹胀没有那么早出现，是在生后21天左右出现腹胀，而且小孩子要么不排便，要么一排便就排特别多。
消化道重复畸形是指附着于消化道系膜侧的，具有与消化道相同特性的球形或管形空腔肿物，是一种比较少见的先天性畸形。可发生在消化道的任何部位，但以回肠发病最多。先天发育异常都需要手术治疗。
新生儿肠道感染可以停止喂养可能导致新生儿肠道感染的食物，检查食物安全等因素，包括母亲乳房发生感染或未经完全消毒，配方奶出现问题、母乳冷藏时间过久或喂养食物温度较低等；发生新生儿肠道感染，可口服敏感抗生素进行治疗，如第三代相关药物类抗生素等；出现败血症，需及时进行静脉给药，并注意补充体液，若发生严重败血症，需停止喂养，避免出现新生儿坏死性小肠结肠炎。