矮小症最佳治疗时间是3~12岁。
矮小症是小儿内分泌科的一种常见病症，一般小于同龄人两个标准差就是矮小症。矮小症应该尽早进行治疗，如果是女性来例假后，男孩的嗓音发生了变化，说明孩子已经到了青春期，这时候进行干预可能会起到很大的作用。最关键的是，在早期介入的过程中还有很大的余地，而且有的孩子的体重也比较轻，治疗起来也会比较方便，所以在发现孩子个子矮小的情况下，要及时的进行治疗，这样才能达到最好的效果。如果在孩子的骨骺完全闭合之后，才进行干预，可能会没有效果，进而给孩子带来不良影响。
一般来说，小儿矮小症可以看小儿内分泌专科、儿科等。矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族儿童平均身高的2个标准差，通常与遗传、环境、营养等原因有关，家长平时要给儿童提供营养丰富的食物，保证充足蛋白质的摄入，要适当多吃富含钙质的食物，如鸡蛋、猪肉、鸡肉、牛奶、鱼肉、羊肉等，通常对身体有一定的好处。
小儿矮小症可以采用药物治疗、手术治疗等。
矮小症的治疗药物选择，需经由医生综合评估后，在医生的指导下使用。重组人生长激素，生长激素缺乏性矮小症首选药，可有效提高患者的生长速率，改善成年身高。
因肿瘤等引起的继发性生长激素缺乏症，除了进行生长激素等内分泌治疗以外，还要对症进行手术治疗，如垂体瘤要进行选择性经蝶或经颅垂体腺瘤摘除术等。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
矮小症的最佳治疗时间一般是从三岁开始。
原则上是越早治疗越好，不要错过骨骺闭合的时间，年龄越小治疗效果越好。年龄较大的儿童增长潜力较差，治疗效果较差。骨骺如果闭合，就会失去治疗的机会。男孩骨骺闭合通常在16岁左右，之后生长潜力非常差。女孩骨龄在14-15岁时基本骨骺闭合，所以需要尽早治疗。如果骨骺闭合，治疗机会较少。