通常来讲，小儿肠胃炎不一定要吃抗生素，首先要确定病因。若小儿肠胃炎属于病毒感染，不需要使用抗生素。儿童因细菌感染导致的胃肠炎，出现腹痛、腹泻、恶心呕吐等症状时，可以口服头孢克肟等头孢类抗生素，也可以口服阿莫西林等青霉素类抗生素。如果出现严重的腹泻，可以服用蒙脱石散等止泻药。此外，避免药物对胃肠道粘膜的刺激，可在饭后服用。
引起儿童肠炎的病因不同，恢复情况也是不同的。
秋季痢疾俗称轮状病毒性肠炎，属于儿童的一种感染性肠炎。轮状病毒肠炎会导致肠道粘膜细胞受损，肠道中的液体会大量的排出，肠上皮细胞可以完全的回复到正常状态，大约需要一星期的时间，而轮状病毒痢疾是一种自我治疗的病症，通常需要7-10天才能痊愈。常见于由细菌感染导致的肠炎，使用抗生素后3-5日即可恢复。
小儿肠炎的原因有很多，常见的感染性肠炎，主要是由轮状病毒或诺如病毒引起的肠道感染。除了病毒性感染外，大肠杆菌感染也会导致儿童腹泻。大肠杆菌的种类很多，腹泻的情况也不一样。还有就是志贺氏大肠杆菌，可以引起痢疾，属于比较严重的肠炎。
还有胃肠功能紊乱，因为有寄生虫感染也会导致小儿肠炎，所以首先要做鉴别诊断，通过大便化验来寻找可能的病因，比如细菌、病毒、寄生虫等，只有明确病因，才能对症治疗。所以小儿肠炎病因不同，治疗方法也不一样。
一般情况下，急性胃肠炎可用以下几种抗生素进行治疗。
患者首先得先检查是否有幽门螺杆菌的感染，如果检查结果显示患者感染指标较高，可使用克拉霉素或阿莫西林，配合奥美拉唑或奥硝唑进行治疗。另外，还可以选择两联抗生素进行治疗，比如克拉霉素配合左氧氟沙星。如果是因大肠杆菌感染导致的急性肠炎，可使用相应的广谱抗生素，如果是因痢疾杆菌感染导致的，则使用左氧氟沙星、头孢类药物进行治疗。
由于食物不洁是引起小儿肠炎的主要因素，所以在孩子饮食方面要注意卫生。比如清洁好宝宝食用的餐具，奶瓶、奶嘴等，都要做好消毒工作。给宝宝进食时不宜吃外面购买的生冷食物，也尽量少带宝宝去外面就餐。另外，在家的饮食结构也要适当调整，多吃温性蔬菜，补充营养能量。
儿童肠炎主要症状为大便次数增多、量多、水分多，食欲不振、偶有溢乳或呕吐、发热等症状，甚则有水样便、脓血便、脱水等表现，主要是肠道感染细菌或病毒、或喂养不当等所致，是常见消化系统疾病之一。
