早期使用适当抗生素可减轻症状及缩短病程。大环内酯类抗生素为首选，如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素。对大环内酯不敏感者则可选用氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。
如果是支原体感染，通常以阿奇霉素和罗红霉素为主，在进行支原体感染的时候需要进行药敏试验，以明确对哪些类型的抗生素过敏，然后才能进行有效的治疗。
在此过程中要注意个人的卫生，不要吃辛辣刺激的东西，要多休息，要有一个好的心理状态，有利于身体的恢复。
支原体感染治疗需要21天的时间。支气管炎是由支原体感染引起，如果出现严重的症状，可以通过抗感染药物进行抗感染治疗，一般情况下可以在5天内治愈。支原体肺炎是由支原体感染引起的，一般可以在10天内进行抗感染。如果是一些严重的病人，或者是有一些基础疾病的老人，可以在两个星期内进行抗感染治疗。当患者出现咳嗽加重时我们考虑出现了急性感染。
泌尿生殖系支原体感染吃清淡、营养丰富的食物比较好，具体分析如下：
如果是泌尿生殖系支原体感染，平时要多吃一些清淡的蔬菜、水果等，避免食用刺激性的食物。可以多吃一些清热解毒的食物，比如绿豆。多吃能提高免疫力的食品，如无花果、荔枝、鲫鱼、桑椹、杏仁等。避免饮酒，酒精对药物的吸收有很大的影响。忌油腻、霉变的食品。
支原体感染的治疗药物以大环内酯类药物居多。
临床上主要通过分泌物涂片或培养来进行诊断，常使用阿奇霉素、罗红霉素等大环内酯类药物治疗。一般轻、中度感染均可口服阿奇霉素或者罗红霉素，治疗时间为2-3周，重度感染者可在抗生素基础上加用复方新诺明。
如支原体感染致病情严重，患者可能需输液治疗5-7日。
男性支原体感染大部分是容易治疗的，但是要尽早治疗。
如果是男性支原体感染，是指在成年人的泌尿生殖系统中存在尿素支原体和人型支原体，主要与性活动有关。可以通过打点滴来治疗，常用药物有阿奇霉素、罗红霉素、螺旋霉素等，但是要做到完全治疗，不能中断。在用药过程中尽量不要同房，避免出现交叉感染。