肺孢子菌肺炎治疗首选方法是药物治疗。比较常见的药物可以选择复方磺胺甲恶唑，要选择早发现早治疗的方式，让身体快速的恢复，通过早期的判断能够查看出病情的轻重程度是比较重要的。如果病情持续的发展导致越来越严重，通常是没有太好的特效药物改善。患者出现肺孢子菌肺炎，通常是肺孢子菌导致了间质性细胞炎症，这些情况是很少见的。
可以短期内适当的使用糖皮质激素，应该适当的卧床休息，维持正常的生命体征，保证稳定正常的水电解质、酸碱平衡。在出现缺氧状态时可以适当的吸氧，保证孩子呼吸道的畅通。
肺孢子菌肺炎的饮食和护理要注意多补充营养，多吃高热量、高蛋白、高维生素的食物。多喝水，不吃辛辣、生冷的食物，多吃橘子、香蕉、苹果、梨等新鲜的水果。护理方面，主要是为了避免交叉感染，需要密切观察，并在必要的时候使用药物。建议患者应该适当的卧床休息，维持正常的生命体征，保证稳定正常的水电解质、酸碱平衡。
卡式肺孢子虫肺炎是艾滋病患者最常见的一种机会性感染性疾病，这种疾病若是发现的比较早是完全可以治愈，只要给予合适的治疗方案和补液，患者设完全可以治愈，一般常用药物有磺安甲恶唑、喷他脒等，只是治愈所需要的时间并不能确定，而且这些药也不能长期使用，且在治疗的过程中，还要注意多休息，多进食有营养的食物，保证水电解质平衡。
肺炎治疗包括抗感染治疗和预防并发症，患有肺炎的人通常可以在家中接受药物治疗，虽然咳嗽，咳痰，发热等症状大多数在几天或几周缓解，但乏力，疲倦可持续一个月或更长时间。
