血源性肺脓肿是由于皮肤受到外伤感染或痈疖感染，而引起的内毒血症。脓毒血症栓会通过血液传播至肺部，使两肺出现炎症、坏死以及脓腔。血源性肺脓肿大多是金黄色葡萄球菌，合并成脓毒血症，因此治疗应选择抗菌治疗。在选择敏感的抗生素治疗时，应留取痰液，血液作为标本培养，以此进行抗生素的治疗。在当前治疗血源性肺脓肿，选择抗生素通常效果会比较。
血源性肺脓肿可以采用头孢二代、头孢三代等抗感染药，并保留痰液样本。可以根据患者的痰样本进行药敏检测，选择使用抗生素，但也有少数的金黄色葡萄球菌对青霉素具有抗药性，可以使用万古霉素、利奈唑胺、利福平等，经验性使用二代、三代的头孢，并使用抗厌氧菌，如甲硝唑、克林霉素、林可霉素等。另外还需要做好痰的引流工作，痰液的排出对病情的恢复有很大的帮助。
血源性肺脓肿最常见的病原菌是革兰氏阳性球菌，这种病菌会造成肺多发小脓肿，其中又以金黄色葡萄球菌更为严重，患者一旦确诊血源性肺脓肿，必须要及时明确病原菌，才能更好的做到对症治疗。明确病原菌可以通过抽血培养的方式，在患者还没有使用抗生素之前，抽取血培判断是哪一种致病菌。血源性肺脓肿多发于青壮年，男性的发病比例要高于女性。
治疗肺囊肿西药主要有青霉素、头孢曲松等抗生素。中医也能起到标本兼治的效果，通常都是使用疏风润肺，清热解毒的药物。常用的药物有金银花、薄荷、连翘、甘草等，具有化痰止咳、胸痛化淤的功效。在中度和溃脓期，咳嗽多痰，痰液粘稠，可以服用清热解毒，化痰排脓等中药。在恢复期可以选择一些具有清热养阴，益气补肺等中药进行治疗。
肺脓肿要根据引起肺脓肿的病原体的类型来选择抗菌药物。
大多数对于肺脓肿感染的细菌，以及有些厌氧菌，都可以选择使用青霉素。如果青霉素过敏，可以选择克林霉素，还可以联合使用甲硝唑治疗。
由军团杆菌所引起的肺脓肿，可以首选大环内酯类药物，比如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等药物。
由革兰氏阴性杆菌引起的肺脓肿，可以选择氨基糖苷类的药物，比如妥布霉素，以及联合喹诺酮类的药物，比如左氧氟沙星、加替沙星等。