脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
6小时之内是的恢复的好时间，因为脑血管意外具有急性发作的特点，所以在治疗中一定要争分夺秒，后遗症越长就越严重，所以在近6小时的治疗中是最有效的治疗方法，通常在治疗后3-6小时内，金6小时的治疗效果。
脑干梗塞比较严重,比其他部位梗塞的危险更大。脑干是人体的生命中枢,有呼吸、心跳中枢。一旦脑干梗塞的发生面积比较大,容易导致患者出现脑干水肿,进而形成脑疝,导致患者的延髓被压迫,容易形成呼吸、心跳骤停,危害到患者的生命。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
脑干梗塞，属于脑梗死中的较危重类型，经过药物治疗与康复训练，最后可以达到生活自理，具体要看个人的病情。
部分人群常有患者遗留吞咽困难，饮水呛咳，偏瘫等后遗症，康复也较为困难，轻症的患者，多由于梗死灶较小，位置不是十分重要，可无明显的后遗症，但是在影像学上会留下软化灶，提示部分神经细胞已经坏死凋亡，所以这类患者的恢复，也仅仅是临床症状的恢复，不代表脑神经完全恢复如前。
建议到正规的医疗机构去就诊，务必在医生指导下，规范用药，预防再次发作。平时注意不要吃不容易消化的食物，饮食以清淡营养为主。
脑于梗死是严重的脑血管病，必须尽早综合康复治疗，减少后遗症。脑梗死应尽早及时地治疗，虽然不及脑出血凶险，死亡率也是比较高的，而且残废率高于脑出血。治疗原则主要是改善脑循环，防治脑水肿，治疗并发症。如果吞咽困难可以选择先吃流食。确保营养。
脑干梗死后的康复时间取决于病人的康复时间。
大部分脑干梗死病人都会有很大程度的神经功能紊乱，甚至会有一些意识上的问题，例如睡眠、昏厥等。此外，大部分病人还有语言能力的问题，主要有说话困难、说话困难、喝东西时会呛到。这些病人在入院的时候，往往会有一些并发症，例如：吞咽功能减退，四肢活动障碍，或者是肺部感染等。要等病人出现了严重的言语功能和动作功能的问题，并且意识清醒，肺部感染也得到了有效的治疗。一般是2-4个星期或更长时间。