女性衣原体感染可能有尿频、尿急、尿痛等症状。
如果是尿频、尿急、尿痛、尿道口或阴道口的发红色、阴道分泌增多、发黄或粘稠的分泌物、有臭味或脓性分泌物等。在反复感染后，检查衣原体和支原体培养结果显示，只有很少一部分女性会出现不育症状。如果出现了衣原体，需要进行及时的治疗，未痊愈前不能同房，避免出现交叉感染或者是复发。
女性衣原体感染有微的瘙痒和刺痛症状。
绝大部分的病人在感染后没有明显的不适，只有很少的病人会出现轻微的瘙痒和刺痛。衣原体在呼吸道中的症状与支原体肺炎类似，症状较轻，发热，寒战，非胸膜炎症性胸痛，头痛和疲倦。咽喉痛、吞咽困难、声音嘶哑是咽喉炎症的主要症状。如果是尿路上的衣原体感染，会有尿路上的不适，比如会有溢尿，会有尿液从尿路中排出来，导致尿路阻塞，导致排尿不顺畅或者是排尿困难。
衣原体感染后，女性患者主要表现为尿道炎和（或）生殖道衣原体感染。
衣原体尿道炎的致病菌以沙眼衣原体为主，是一种非淋球菌性尿道炎，临床上可见尿频、尿急、尿痛、排尿困难等症状。
生殖道衣原体感染，以外阴和阴道瘙痒为主症，阴道有不正常分泌物和气味、下腹部不舒服等，严重的会导致女性盆腔炎、输卵管炎等疾病。
多数无明显症状，少数重症者会有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频、尿急是主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血，挤压尿道可有少量分泌物外溢。
经常导致的临床症状是尿道灼热、瘙痒、疼痛、肉眼血尿，尿道口一开始会出现粘液样的分泌物，然后会转变为脓性的分泌物。出现这种临床症状，需要及时到当地的正规医院去做一个分泌物涂片检查或者是分泌物培养检查来明确诊断。
男性衣原体感染可能会引发衣原体肺炎、沙眼等病症，症状也会不同。
1.衣原体肺炎：此类患者可能会出现咳嗽、咽喉肿痛、声音嘶哑、头痛、鼻塞、流涕等不适症状。
2.沙眼：此类患者可能会出现流泪、有黏性或脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生、眼险内翻、倒睫等不适症状。
建议患者及时进行治疗，以免症状加重。
