考虑气道有不同程度的炎症反应。气道有炎性物质分泌物的刺激，可能气道还存在有狭窄，也可能与支气管平滑肌的收缩和痉挛有关。另外就是受到了支原体、衣原体的感染。
这可能是咳嗽变异性的哮喘导致的咳嗽，在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
小儿凌晨四五点咳嗽可能因感冒鼻涕过多，平躺倒流刺激咽后壁引起，也可能是支气管炎或咽炎引起的，可以到医院查血常规、胸部X线以明确诊断，咳嗽是一种反射性的保护动作，当呼吸道内有异物或分泌物时，通过咳嗽咳痰可将其排出。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
一直咳嗽是慢性支气管炎，咳嗽咳痰超过三个月，连续两年或者两年以上发作，是气管及支气管粘膜及周围组织的慢性炎症。主要症状是咳嗽，咳痰，呼吸困难，喘息等，是因为灰尘，油烟，刺激，病毒，细菌，支原体感染导致的。
有几种病可以引起干咳。一个是鼻子的问题，鼻子出了问题以后，鼻腔的分泌物往后面流叫后鼻滴流，滴到咽喉以后刺激到咽喉引起咳嗽。第二个就是胃的问题，胃出了问题以后，胃里边的食物或者胃酸向咽喉这边反射，刺激到咽喉也会引起咳嗽，叫胃食道反流综合征。第三个比较少见的就是哮喘，这种哮喘是很特殊的哮喘叫咳嗽变异性哮喘，这种哮喘表现不是喘，而是咳嗽。
