恶性葡萄胎的愈后比较良好。
恶性葡萄胎也就是恶性的肿瘤，是葡萄胎的水泡组织超过子宫腔的范围，侵入子宫肌层深部或其他的部位发生转移者。它的发生机会为5%到20%的葡萄胎转变成恶性葡萄胎，或者绒毛膜癌。多数在葡萄胎清宫术后6个月内发生，但是也有葡萄胎没有排除之前就发生恶变的。恶性葡萄胎虽然具有恶性肿瘤的特点，但是治疗效果和预后均比绒毛膜癌效果要好。
葡萄胎恶性主要表现仍是不规则阴道流血，子宫复旧不完整或不均匀性加重，卵巢黄素化囊肿是长期存在的，此外，如症状较明显，会发生腹痛，假孕症状及其他如有其它部位转移。
葡萄胎恶性阴道流血以不规则阴道流血为主，量有多有少不确定，还会在正常月经过后出现停经现象，继而出现阴道流血异常，腹痛，子宫病灶刺破浆膜层后会导致急性腹痛和腹腔内出血的症状；此外，可因HCG水平的不断增高而出现假孕等症状。
恶性葡萄胎经过治疗，可能并不会影响到患者寿命，但如果发生转移或复发，可能会影响寿命，存活2-5年，具体分析如下：
恶性葡萄胎一般可以通过化疗完全治愈的，不会影响患者的生存期。恶性葡萄胎发生转移或者是对化疗药物不敏感，可能会影响患者的生命，一般存活2-5年。恶性葡萄胎患者在治疗前要明确分期和评分，合理的化疗方案可以减少耐药和复发，提高完全治愈率。恶性葡萄胎的治疗结束后要密切随访。
有过葡萄胎还可能会复发。
葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，有过葡萄胎仍有复发的可能，所以做完葡萄胎手术后要定期随访，一般要随访两年，两年后才能生育，如果怀孕了，要及时行血HCG和超声检查，以确定是不是正常妊娠或葡萄胎。葡萄胎有家族易感倾向，有一次葡萄胎的患者约2%-3%会再次发生葡萄胎。如果再次出现葡萄胎的情况，患者通常可以通过清宫术进行治疗。
葡萄胎化疗后还会复发，但复发的可能性相对较低，具体分析如下：
有研究表明，在高风险的情况下，采用预防性化学疗法可以减少高风险葡萄胎的妊娠滋养细胞肿瘤的发生。在葡萄胎排空或排空的情况下，进行预防性化学治疗，通常是多疗程的化疗，直至HCG阴性。葡萄胎后的营养细胞肿瘤很难在HCG自然下降到正常之后出现，因此需要进行后续的跟踪治疗。
