治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
肺脓肿可用金银花、牛蒡、桔梗、淡竹叶、薄荷等中药治疗。除这些药材外，还可用芦根、薏苡仁、桃、连翘等。这些食物对治疗肺脓肿也很有效。肺脓肿也与咳嗽有关。可以吃一些止咳化痰的食物，如枇杷、梨等。八味痰香丸是一种口服中成药。成分包括檀香、天竺黄、红花、丁香等。规范用药可清肺热，化脓止血。疾病，促进肺部健康的恢复。
血源性肺脓肿可以采用头孢二代、头孢三代等抗感染药，并保留痰液样本。可以根据患者的痰样本进行药敏检测，选择使用抗生素，但也有少数的金黄色葡萄球菌对青霉素具有抗药性，可以使用万古霉素、利奈唑胺、利福平等，经验性使用二代、三代的头孢，并使用抗厌氧菌，如甲硝唑、克林霉素、林可霉素等。另外还需要做好痰的引流工作，痰液的排出对病情的恢复有很大的帮助。
对于肺脓肿的病人，在病情稳定的情况下，可以口服抗生素。口服抗厌氧菌的药物有：甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等；还可以选用红霉素等肺部军团菌感染的脓肿，也可以选用阿奇霉素。
阿奇霉素口服的时候，一般都是服用三天，然后停用四天，因为阿奇霉素的药效会持续很久。肺脓肿患者有痰多，可以口服复方甘草合剂、氨溴索口服液等化痰药物。
肺脓肿需要挂呼吸内科，症状比较严重的时候需要挂胸外科。肺脓肿属于肺组织遭受到了原细菌侵犯而造成的肺组织发生坏死或者发炎，最终会让肺部积聚大量的脓性积液，患者主要会表现为咳大量脓臭、咳嗽以及高热的症状，同时还有可能会伴有食欲不振、盗汗以及咳血。如果患者的痰液得不到有效控制的时候，则需要通过手术的方式将病变的肺部切除。