一般情况下，先天性心脏病有遗传倾向，先天性心脏病患病率为0.6%～1%。
先心病的发生与染色体的数量增多、缺失以及染色体的畸形均相关，而且与基因的变异有关。所以先天性心脏病一般来讲有遗传倾向，如肥厚型心肌病、马方综合征、Brugada综合征、长QT综合征等。建议怀孕期间要定期进行产前检查，明确胎儿的情况。
先天性心脏病有明显的遗传倾向，不少单基因或多基因遗传性疾病伴有心血管畸形。
患先天性心脏病的原因很多，通常是由孕妇在怀孕初期患有病毒感染性疾病、宫内缺氧、服用至畸药物、孕妇患有糖尿病、红斑狼疮、酗酒、接受射线照射等原因导致的。而遗传因素只有8%左右。尽管先天性心脏病患者中，基因的影响较小，但其后代的发病率要高于正常人群。
先天性心脏病有明显的遗传倾向，因为染色体的异常可能在胚胎发育过程中，尤其是重要器官形成阶段，会引起先天性心脏病的出现。而遗传因素仅约占8％。虽然遗传因素在先心病中占比不大，但下一代的患病几率会比正常人高。
先天性心脏并不是一种遗传的疾病，父亲有先天性心脏病不一定会遗传下一代。
通常情况下，先天性心脏遗传后代的可能性很，若家中有多人存在先天性心脏疾病，进行产前诊断即可，因为先心病的父母其子女再次发生先心病的概率为稍微比正常人高。所以妊娠初期是一个重要的阶段，也是神经系统和内脏的发育，不要受辐照，还应该根据孕周进行排畸检查。
有一些先天性心脏病跟遗传有关系，比如有一些综合征，比如马凡氏综合征或者21三体综合征，往往会合并有先天性心脏病，这是基因和染色体的遗传问题导致的，所以与遗传也有关系。
先天性心脏病最常见是患儿生长发育明显的落后、体重增长缓慢、体格瘦小，小婴儿表现为吃奶无力、容易出汗，在秋冬季节，这部分患儿可能反复的呼吸道的感染、反复的肺炎，一旦肺炎还容易发生心力衰竭。还有一大类的患儿生长发育不受影响，可能也不会经常有肺部的感染，但是这类患儿临床可看见口唇、手指、脚趾末端甲床青紫，一旦发现青紫，这类患儿常常是复杂型的先天性心脏病，需要到医院做超声心动图来明确的诊断。
