一般情况下，治疗儿童结膜炎的眼药水有盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。
如果是细菌性结膜炎引起的，这种情况可以遵医嘱使用抗生素类的滴眼液给儿童使用，比如盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。如果是病毒性结膜炎引起的，这种情况通常需要遵医嘱使用抗病毒的药物进行治疗，比如利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。如果是过敏性结膜炎造成的，则可以遵医嘱给儿童使用色甘酸钠滴眼液或者盐酸氮卓斯汀滴眼液进行治疗。
一般情况下，儿童结膜炎一周左右就能够恢复。
结膜炎是由于感冒受凉，细菌或病毒感染导致的，可以造成眼睛充血，分泌物增多等症状，需要眼睛局部应用抗病毒以及消炎的眼药水。同时建议患者应注意儿童的护理工作，避免儿童用手揉眼睛，同时建议患者应单独休息，避免传给其他儿童。治疗期间家长要注意给宝宝保暖，适量喝温热水，促进新陈代谢，有利于促进宝宝身体恢复。
考虑可能是由于结膜炎或者是其他的因素导致的，观察宝宝出现眨眼睛多次的情况，建议首先是观察宝宝的眼睛是否有流眼泪，眼屎增多，或者是结膜充血等情况。如果有的话及时到医院眼科检查。集体生活的环境、贪玩的个性更让儿童成为结膜炎的高发人群，感染性结膜炎更容易引起儿童之间、家庭成员之间的传染，因此需要家长的更多重视。平时多加强锻炼，多吃蔬菜和蛋白质，增强自身免疫力。
儿童结膜炎的早期处理原则与成人相同：
1.首先要从病史、症状、分泌物特征、眼部症状等方面进行鉴别。
2.根据不同的结膜炎，医生会给出不同的治疗方法，比如病人的黄白色、粘稠，早上起来会粘在上下睫毛上，导致睁眼困难。
3.遵照医生的指示，按时服药。
4.如有大量的分泌物，在使用药物之前要用干净的棉签擦拭，注意不要接触眼睛，避免造成角膜损伤。
小儿结膜炎主要表现为眨眼，通常情况下，孩子的结膜炎眨眼的次数会更多。根据患者的症状和病程，可以分为急性期、亚急性期和长期期三种类型。按照发病原因，可以将其归类为细菌性、病毒性、衣原性、真菌性和过敏性等。结膜炎、慢性滤泡性结膜炎、膜性及假膜性结膜炎等疾病均可按其病理特征进行分类，然后进行针对性的治疗，改善结膜炎导致的情况。
4岁孩子出现结膜炎，通常是由于细菌感染引起的，疾病恢复的时间通常在2-3周左右。
疾病的症状一般表现为眼睑水肿，结膜充血，大量黄白色的脓性分泌物，通常是两个眼睛同时出现或者先后出现。在疾病的早期，需要保持眼睛局部的清洁，使用生理盐水将眼部分泌物及时清除干净。另外，要选择敏感的抗生素滴眼液，控制局部的炎症，儿童常用妥布霉素滴眼液。
在早期症状比较重的时候，点眼的频率可以适当的高一些，随着症状减轻，再逐步的将频率降下来。这种疾病有传染性，在治疗与恢复期间一定要做好隔离工作，避免接触传染。