灌肠是不疼，如果本身有肛裂或者痔疮，可能会有一定的疼痛。灌肠具体的感觉与灌肠的类型有直接的关系，灌肠分为保留灌肠和不保留灌肠，保留灌肠会用于药物治疗，通过灌肠管在肠道内注入适量的药物，达到治疗的目的。
宝宝发烧后，不要给宝宝灌肠，肠道也是有粘膜的，如果经常灌肠对宝宝也不好，如果不想吃药，可以给宝宝外用退热栓，一般发烧可能是患急性上呼吸道感染，主要是病毒感染引起的，如呼吸道合胞病毒，腺病毒，流感或者副流感病毒等。
灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
在灌肠过程中，患儿会出现面色苍白、出冷汗、剧烈的腹痛、心率加快、气急，时候应该立即停止灌肠，灌肠的时候一定要特别注意，灌入的灌肠液，不能够过快过猛，更换灌肠器械的时候，要防止空气进入，要避免直肠内的液体返流。
直肠黏膜皱褶少，无绒毛，吸收面积小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量特别有限。另外，灌肠也不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。
宝宝发烧后，最好不要给宝宝灌肠，肠道也是有粘膜的，如果经常灌肠对宝宝也不好，如果不想吃药，可以给宝宝外用退热栓，发烧可能是患急性上呼吸道感染，主要是病毒感染引起的，如呼吸道合胞病毒，腺病毒，流感或者副流感病毒等。