一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
B超看不到孕囊，可能是宫外孕，也可能是没怀孕。
B超看不到孕囊可能是因为妊娠的时间比较少，或是出现宫外孕，也可能是没怀孕导致的。患者需要去医院做hcg检测，发现有绒毛膜性腺激素翻番增长，可能是怀孕了或是宫外孕。妊娠42天左右就会有孕囊可能是因为胎停育引起的。
患者应该及时到医院进一步检查，明确病因后进行针对性治疗。
一般怀孕35天以后，通过超声波检查可以发现胎儿的胎囊和心脏的变化。
受精卵着床较迟，可以通过超声波来观察孕囊，42天内没有发现孕囊，一周后复查还是没有发现，要怀疑是宫外孕，宫外孕最容易发生在输卵管的壶腹部。宫外孕的胎囊是可以通过超声波检查发现的。建议及时进行检查，以免对身体造成损害，严重情况下还会危及生命。
一般来说，42周B超没有发现孕囊，这是很常见的现象，因为孕囊很小，B超上也没有什么异常，需要停用两个星期，然后再到B超上进行B超，等到B超的时候，就可以进行B超了。还可以做一些其它的检查，比如血液hcg的含量，看看有没有增高，如果超过了就说明有了妊娠，要做好调整，不要食用辛辣刺激的食物和药品。
此外，如果女性怀孕了，在孕期应该按照医嘱前往医院进行产前检查。
停经40天的时候经过B超检查仍然看不到妊娠囊，但是血HCG阳性的情况下，要排除宫外孕的可能性。隔一天再抽血检查一次，了解血HCG是否在原来的基础上出现翻倍上升。如果没有翻倍上升，只是上升一点点则高度怀疑宫外孕。
最早在怀孕五周的时候，就可以通过阴道B超看见孕囊，由于每个人的月经周期是不同的，受孕的时间也是有短时间的区别，所以在B超上能最早见到孕囊的时间也是不同的。
