环孢素对免疫性流产有保胎作用。免疫性因素导致的流产，大多是因为母体对于胎儿的免疫排斥。而环孢素则可以抑制这种免疫细胞，所以环孢素可以保胎。有利于孕期滋养细胞生长，并诱导母胎界面耐受。
环孢素是不能保胎的，这种药物孕期不能服用，容易导致胎儿畸形，怀孕12天左右开始出现早孕反应，如恶心呕吐择食的反应。如果呕吐严重，建议及时去医院补液治疗，平时保持足够的睡眠，荤素搭配，适当锻炼，增强体质，不要做剧烈运动，避免发生流产等停经50天左右去医院检查B超，了解妊娠囊的发育情况，看是否正常。
通常服用到环孢素怀孕第十二周后停药。
若是孕妇因为肾脏移植后需要服用环孢素来抑制排斥反应，在怀孕以后，需要一直服用环孢素，不应该出现停药的现象。可能是因为出现停药的情况，可能会导致肾脏出现明显的排斥反应，严重者会出现肾坏死的情况。若是孕妇在怀孕后出现胚胎停育的情况，服用环孢素进行治疗，需要到怀孕十二周后在进行停药的情况。
最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压。不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
目前尚无妊娠妇女使用环孢素有效性的临床大样本研究，但根据小样本研究，孕妇用环孢素并不对胎儿产生很大的影响。在对器官移植妇女使用环孢素的研究中发现，仅可能导致低体重儿和早产。
