一般情况下，灌肠若按照正确的操作方法则无危害。具体分析如下：
通常来讲，灌肠是将药物灌入直肠内达到其治疗的目的，一般分为清洁灌肠和保留灌肠两种。其中，清洁灌肠适应于结直肠手术的术前准备、内镜检查前的肠道准备，还可以用于粪便嵌塞的治疗等。而保留灌肠一般对药物的量、温度有严格的要求，如温度在36度左右，药物常用量在50至100ml，此方法是治疗直肠肛门疾病和妇科炎症的常用方法。
一般来说，长期灌肠对人体的危害是有很多的，具体内容如下：
1.长期灌肠对肛门括约肌会有损伤，有可能出现肛门括约肌失调，从而导致大便失禁或排便反射减退。
2.长期灌肠还有可能损害肠道的黏膜，药物洗剂肠道黏膜，容易增加患病的风险。
患者在治疗期间注意清淡、易消化饮食，尽量避免吸烟饮酒，减少高热量、刺激性、生冷食物的摄入。还可适当进行体育锻炼，有助于增强体质。
通常情况下，盆腔炎灌肠后可能会出现腹胀或者排便有紧迫感，有的病人可能会出现腹泻
盆腔炎分为急性和慢性，在使用抗生素进行治疗时，还可以用中药来进行灌肠治疗。一般中药灌肠对慢性盆腔炎没有危害，药物进入直肠缓解炎症，促进盆腔积液消散，从而达到消炎的目的。而对于急性盆腔炎患者，炎症发作时一般不建议灌肠，这时灌肠害容易引起炎症扩散，建议治疗4天左右再进行灌肠治疗。但是灌肠也有一定副作用，可能会导致含着腹胀、排便有紧迫感或者出现腹泻的情况。
在灌肠过程中，患儿会出现面色苍白、出冷汗、剧烈的腹痛、心率加快、气急，时候应该立即停止灌肠，灌肠的时候一定要特别注意，灌入的灌肠液，不能够过快过猛，更换灌肠器械的时候，要防止空气进入，要避免直肠内的液体返流。
一般情况下，小儿灌肠治疗，在医疗上是不被重视的。灌肠对儿童造成的伤害有：
1.灌肠的配比较低，目前FDA认可的可以灌肠的药很少见，大多数都不能使用。
2.灌肠会损害孩子的肛门和直肠，而药物则会对直肠、肛门造成一定的伤害。
3.灌肠灌胃时，主要通过静脉途径吸收，多数经过肝内消化，造成肝损伤。
建议尽量不要让儿童灌肠，以免影响身体健康。
比较小的孩子不要选择用灌肠的方式进行退烧，可以采用物理或者是药物等方式帮助孩子进行退烧。长期灌肠会对孩子的肠胃产生影响，而且一般如果温度没有超过38°五以上，可以通过退热的药物来进行治疗，灌肠退烧需在专业的医生配合下来进行使用。