一般来说，长期灌肠对人体的危害是有很多的，具体内容如下：
1.长期灌肠对肛门括约肌会有损伤，有可能出现肛门括约肌失调，从而导致大便失禁或排便反射减退。
2.长期灌肠还有可能损害肠道的黏膜，药物洗剂肠道黏膜，容易增加患病的风险。
患者在治疗期间注意清淡、易消化饮食，尽量避免吸烟饮酒，减少高热量、刺激性、生冷食物的摄入。还可适当进行体育锻炼，有助于增强体质。
一般情况下，灌肠若按照正确的操作方法则无危害。具体分析如下：
通常来讲，灌肠是将药物灌入直肠内达到其治疗的目的，一般分为清洁灌肠和保留灌肠两种。其中，清洁灌肠适应于结直肠手术的术前准备、内镜检查前的肠道准备，还可以用于粪便嵌塞的治疗等。而保留灌肠一般对药物的量、温度有严格的要求，如温度在36度左右，药物常用量在50至100ml，此方法是治疗直肠肛门疾病和妇科炎症的常用方法。
灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
通常情况下，盆腔炎灌肠后可能会出现腹胀或者排便有紧迫感，有的病人可能会出现腹泻
盆腔炎分为急性和慢性，在使用抗生素进行治疗时，还可以用中药来进行灌肠治疗。一般中药灌肠对慢性盆腔炎没有危害，药物进入直肠缓解炎症，促进盆腔积液消散，从而达到消炎的目的。而对于急性盆腔炎患者，炎症发作时一般不建议灌肠，这时灌肠害容易引起炎症扩散，建议治疗4天左右再进行灌肠治疗。但是灌肠也有一定副作用，可能会导致含着腹胀、排便有紧迫感或者出现腹泻的情况。
宝宝肠套叠需要在医生指导下进行灌肠。
宝宝患有肠套叠，给宝宝进行灌肠处理是不会有太大的危险的，家长不用过于担心。而且给宝宝灌肠主要是给宝宝的肛门打气到一定的压力之后，会将套叠部位的冲开，缓解病情。在做了灌肠方法之后，一定要注意护理，而且要注意清淡饮食。尽量采取少食多餐的原则，多喝水有利于避免肠套叠的再次发生。
便秘用温肥皂水以及甘油制剂灌肠最好。
灌肠是解决便秘的手段，主要使用温肥皂水以及甘油制剂灌肠，对于缓解便秘是有非常好的效果的。但是灌肠这种手段对于治疗便秘并没有病因学治疗的效果，一般建议经常检查，判断一下直肠和结肠有没有病理性改变，然后再确定进一步的治疗。
需要注意的是，患者应该多吃富含维生素的新鲜食物，保持心情舒畅，避免紧张、抑郁等不良情绪。