手术治疗切除过早闭合的骨缝，再行颅骨整形，达到减压和有利于脑的发育以及外观的改善。手术时机待病情而定，一般在6～7月龄时行手术治疗，一旦出现神经萎缩和智能障碍，即使施行手术，功能不易恢复。
胎儿头的大小一般是跟遗传和营养有直接关系，孕期需要定期去医院检查B超就可以确诊胎儿的头部是否正常。如果持续增长考虑是没事的。建议孕期合理饮食，荤素搭配，多吃些新鲜的蔬菜水果，不要吃过于油腻的食物和甜食，避免导致身体过度肥胖。对孕妇和胎儿都是有危险的。
头围小于正常儿头围平均值3个标准差以下，外貌特殊，智能低下，矮小，X线示颅腔各径线显著变短，其他影像学检查示脑容积变小等可作诊断，小儿畸形的患者体格发育与智力发育，一般落后于正常的同龄人，头围小、颅穹窿比较小，枕部平坦，通过CT等检查项目可以观察到患儿的脑萎缩、脑室以及蛛网膜下腔的增宽，脑体积的变小。
手术治疗相对来是比较好的，就是切除过早闭合的骨缝，重新选择新的骨缝。就是切除大块的骨质，以解压和有利于脑的发育。越早越好。出生以后诊断为小头畸形的患儿，如果在六个月以内进行手术，术后恢复正常的可能性是非常大的。如果一旦出现了视神经的萎缩和智能的障碍，这个时候即便马上进行手术治疗，其大脑的功能也已经受损，恢复的可能性不是特别的大。可见小头畸形要及时的发现、手术治疗，才能得到比较好的恢复。
一般来说，小头畸形吃以下食物比较好。
（1）高蛋白类食物：蛋白质是建造和修复身体的重要原料，人体的发育以及受损细胞的修复和更新都离不开蛋白质，所以小头畸形吃高蛋白类食物比较好。
（2）含锌类食物：锌是人体必需的微量元素之一，在人体生长发育、生殖遗传等重要的生理过程中，都起着极其重要的作用，可以促进机体的恢复，所以小头畸形吃含锌类的食物比较好。
（3）脑磷脂高的食物：脑磷脂高的食物具有辅助修复脑功能的作用，所以小头畸形吃脑磷脂高的食物比较好。
小头畸形要做头围测量、B超检查等检查。
1、头围测量：在患儿出生后，要进行身体数据的测量，包括身长、体重、头围等，而如果患儿的头围发育较慢，可能会是小头畸形。
2、B超检查：确认怀孕后，通常需要进行B超检查，观察胎儿发育状况，并丈量头、臀的长度，如果存在头部畸形，可能是小头畸形导致的，建议根据医生的建议选择是否继续妊娠。