胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
根据不同的地区的胃镜，可以分为两种，一种是无痛胃镜，一种是普通的胃镜，一种是700-800元，是一种常见的检查方法。有些情况下还可以做一些病理切片，具体要看具体情况。最好是去当地的正规的医疗机构咨询，在体检的前一天要尽量吃些清淡的东西，并且在体检的前6-8个钟头不要进食，避免对身体的健康产生不良的效果。要有一个好的情绪。
如果要做胃镜下的息肉切除，不同地区、不同级别的医院，收费的标准也是不同的。通常情况下，单例息肉在内窥镜下切除，需要考虑的费用相对较低，大约500元。如果是多发性的息肉，需要做手术，费用会更高，一般需要2000元。
另外，术前还要做抽血、心电图、麻醉、材料费等相关的检查，具体的花费要看就诊的医院。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
