一般生化妊娠是受精卵着床不成功导致的阴道出血，宫外孕流产是宫腔内没有孕囊的情况下有阴道出血。一般生化妊娠和宫外孕自然流产一般是不容易区分的。可能是宫外孕流产出血，一般不容易区分。
宫外孕和生化妊娠流血的区别是生化妊娠阴道流血时间比较早，大体上在月经应该来潮的时间段出现阴道流血，量也类似于一次月经，时间也会和月经来潮差不多，单纯依靠症状不能诊断是否是月经来潮还是生化妊娠。宫外孕阴道流血时间往往在月经延期几天以后出现，量不大，并且可能持续时间比较长，淋漓不尽。
生化妊娠主要是精子和卵子结合以后，进入到宫腔，但是没有在子宫内膜着床，然后就流产，只停留在生物化学手段能够检测出来的水平。这种患者在月经期会有少量阴道出血。当做一次月经来潮，感觉有轻微下腹坠胀的感觉，没有其他不适症状。
生化妊娠在临床上主要的症状就是在该来月经的时候出现了少量的阴道出血，没有以往月经量多，并且在临床上不会伴有下腹部疼痛。而且少量的阴道流血会持续几天，建议一定去医院做血HCG的化验检查，往往血HCG就会出现升高的现象。
生化妊娠就是受精卵着床不成功，不算是真正的怀孕，生化妊娠有部分人会明显感到肚子疼痛、腰酸，有些人会持续性的肚子疼痛，而有相当一部分人只是短暂性肚子疼痛，而大部分人是完全没有任何症状表现的。
