一般情况下，怀孕40天药流是否安全，与女性的具体情况有关。如果女性40岁以下，不存在其他疾病，怀孕40天，且是宫内妊娠，药流是比较安全的；如果女性年龄过大或过小，药流有一定的危险性，此外，曾经患有或者目前患有比较严重的心脏病、贫血、哮喘、青光眼等病种，或者存在肝肾功能不全、过敏体质的情况，这类女性一般不适合使用药物流产，因为以上一般属于米非司酮片、米索前列醇片等药流药物的禁忌症。
40天后药物流产，如果导致不全流产，需要进行清宫。
药物流产后出血10天左右即可止血，超过10天仍有阴道出血，药物流产前期出血多，超过月经量应及时进行清宫。超过10天后仍有阴道出血，B超显示宫腔残留物大于1cm，此时应进行清宫。药物流产后10天内出了血，B超检查发现宫腔内没有残留，可以不进行清宫。残留不超过1cm，可以服用米非司酮、补佳乐等药物。
应该耐心等待，大约怀孕42天左右，做B超检查可以看到孕囊，这时候可以在医生指导下给予药物流产，如果药物流产干净了，就不需要清宫。去医院做检查，发现怀孕36天了，不能药流，因为药物流产要求做B超检查，宫腔内应该发现孕囊。
怀孕40天药流和人流哪个伤害小，无法比较。二者都会对身体产生一定的影响，不能机械的认为哪个伤害小。药流适用于停经49天以内的宫内孕。药流的好处是如果服药之后胎囊可以排出，复查彩超也没有残留，那么可以避免人工流产对子宫内膜的损伤，可以避免术后宫腔粘连的发生。但是如果没有顺利的排出或者复查彩超有残留，是有可能需要清宫的，那么就和人工流产的操作方式基本类似。而且药流由于出血时间长，可能增加感染的风险。人工流产的好处是可以速战速决的解决问题，适用于孕10周以内的宫内孕。但是术后可能会引起宫腔粘连。无论人流和药流，术后都有出血、感染、二次清宫、月经不调、继发不孕的风险。
通常来说，在怀孕49天之内药流最合适。
胎儿对药物最敏感的时间是在怀孕的第35-45天，服药前患者要到医院进行B超检查，明确是在宫腔内怀孕才能服用药物。服完最后一次药物会有阴道出血的情况，和正常月经差不多，患者应注意是否有孕囊排出，一周后复查彩超观察是否完全流产。期间要注意休息，充足营养，有利于身体恢复。
药流成功率能达到90%左右，在服药时一定要选择具有抢救措施、可以刮宫以及输液、输血的医疗环境。常用于停经49天以内的妊娠，在服药前一定要先做超声检查，以排除宫外孕的可能。
