胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
一般情况下，做胃镜需要700元左右。
现在临床中做胃镜分为两种，一种是普通胃镜，另外一种是麻醉，就是无痛胃镜。普通胃镜检查患者整个过程是清醒的状态，在做胃镜的时候通过咽喉部进入到食管腔，再进到胃腔进行观察，患者可能会出现一些明显的不适感觉，主要是恶心。
在用药期间清淡饮食，避免吃辛辣刺激性的食物以及寒凉、生冷、不易消化的食物等。
在三级医院，普通的电子胃镜要100元，二等医院80块钱。在三级医院，无痛胃镜的价格是1200-1500元，二级医院800-1200元。在三级医院，胶囊胃镜的价格是4000，二等医院的价格是3500。此外，在进行胃镜检查之前，还要进行9项检查，大概要100元，胶囊胃镜可以不检查。不同的地域有不同的价格，患者应到医院根据具体情况咨询。
