手术是最快的治疗方法，常用挂线HCPT手术治疗。肛门部潮湿瘙痒时，注意肛门部清洁卫生，不可抓搔，可用温水泡洗肛门，每天最少一次，肛瘘的分泌物多时，内裤要勤换、勤洗暴晒，也可用肛门带保护肛门，肛门带也要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留患部。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘属于肛门周围的炎症，溃烂，然后就是形成窦道等。肛瘘药物治疗效果比较差，需要考虑手术治疗。肛瘘术后也存在一定的复发概率，注意个人的习惯，尽量的不要吃刺激的食物，另外就是局部的地方注意卫生。
可以去医院挂肛肠科，也可以去专门的肛肠科医院，正规的医院的肛肠科往往是好一些的，他的设备都是比较好的，前去就诊的病人也比较多，治疗的病例也比较多，所以去正规医院挂肛肠科是比较好的。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。