轻微肛瘘一般需要手术治疗。很难自愈，术后伤口敷料更换的好坏，是手术成功与否的一个关键问题。即使手术成功，若忽视了伤口的敷料更换，手术也常易失败。除此之外，在手术后的饮食习惯方面也要多加注意，正确科学的饮食方法对于肛瘘一般需要手术治疗。
一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
可能会。肛瘘是有可能发生癌变的，肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变是0.1%的概率，所以患者们大可不必过分紧张。
部分肛瘘是可以不用手术的，忌食有刺激性的食物，辛热之品易使肠胃发作湿热，多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等；加强肠蠕动而通利大便，调整胃肠气机。宜食蜂蜜，有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。宜食粗纤维食物，如芹菜、韭菜等。
