肛周囊肿早期保守治疗，可以药物治疗，并辅以中药清热解毒，理疗等方法辅助，也可以做手术治疗，另外也在饮食上要多加注意，多吃一些清淡富含纤维比较高的食物，多注意运动。
肛周囊肿的主要症状为，肛门周围有一肿块，轻微疼痛，或感肛内刺痛或坠胀作痛，慢慢疼痛加剧，肛门周围肿块增大，红肿触痛，比较硬，并且伴有不同程度的发热，倦怠，食欲不振。出现这些症状之后要到医院检查并治疗。
肛周囊肿检查B超和MRI检查。多为椭圆形，均匀的低点状回声且内部无血流信号，多数伴后方回声增强，伴发感染时则回声不均匀，呈现无回声或增强回声，而发生于睾丸部分的表皮样囊肿有典型的“洋葱皮”样、“漩涡”样、“螺纹征”表现。
肛门视诊：是对肛门周围皮肤有无增厚、红肿、血性、脓性分泌物、皮疹及瘘管等方面进行视诊。肛门指检：肛门指检就是用一个手指头伸进病人的肛门，以检查疾病的一种简便易行却非常重要的临床检查方法。准确的直肠指检，大致可以确定距肛缘7～10cm的肛门、直肠有无病变和病变的性质。便常规检查：可以了解消化道有无细菌、病毒及寄生虫感染，及早发现胃肠炎、肝病，还可作为消化道肿瘤的诊断筛查。
肛周囊肿检查时可以触摸法，探针检查、注入染色剂介入法低位切开高位乳胶管引流法、尤其是高位复杂的。方法：在喇叭型肛门镜下在直肠内齿线上方塞3到4个干棉球，防止流入直肠腔烧妁肠黏膜。将针管接上一细塑料管插入肛篓外口，将外口用纱布适度压紧，从外口向管道内缓慢推注，在肛镜下可见白色泡沫从内口流出。
探针检查：采用有钩圆头探针，在双叶肛门镜下探查脓肿部位的肛隐窝，感染隐窝多凹陷加深，探针进入容易，如有脓液溢出即是内口。也可切开脓肿后由脓腔内探查，用食指在肛管内触模，探针头下最薄，只隔一层粘膜处，即是内口。