需要到正规医院做检查，主要包括肛门视诊、肛门指诊、血常规检查、便常规检查、B超、CT、MRI。诊断依据是肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅及里急后重等直肠刺激症状。可伴全身不适、乏力、寒战、发热、食欲减退等全身中毒症状。
肛周囊肿使得肛缘有小肿块，生长缓慢，常有不适和肛门瘙痒，一般不痛，会出现疼痛便血的，可以及时的就医手术治疗，严重可以导致出现头晕、头昏、头痛等。如已侵犯到肛管或括约肌则有疼痛。较大病变有溃疡形成，有压痛及便血。凡肛门周围有较硬的肿块并有溃疡常提示为癌。
肛周脓肿初期症状一般通过肛门视诊、肛门指诊、血常规检查、便常规检查、B超、CT、MRI等检查进行确诊，而且还要根据病人临床表现，比如病人肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅及里急后重等直肠刺激症状。
如果相对较小，则可在消炎后自行吸收。如脓肿腔较大，需手术切开引流。手术后，每天都要洗碘伏坐浴。如果肛周脓肿已经确诊，说明脓肿已经形成，需要手术治疗。如果脓肿引流，很难消除炎症和脓肿腔。应该遵循医生的建议进行手术治疗，加强换药和辅助抗生素治疗。
大多肛周囊肿周期都是比较长，至少在一个月以上，要先去医院做一个肛窥镜检查，然后按照肛窥镜检查来决定治疗手段。多数都是一期先切开脓肿，彻底引流，并抗感染治疗，然后二期再进行肛瘘挂线术的。
