肛周脓肿多由肛腺感染引起，属于肛周急性化脓性感染疾病。任何炎症疾病的特点就是红、肿、热、痛和局部症状。肛周脓肿会出现肛周局部红肿症状，伴有强烈的疼痛感觉，而且疼痛呈持续性。
比较浅在肛周脓肿表现为局部红肿，疼痛，以及明显的波动感伴有身体的畏冷发热和局部的皮温升高。位置比较深的肛周脓肿则局部的症状并不明显，而全身的中毒症状较为突出，通常表现为寒战高热。同时，肛周脓肿可以刺激直肠引起腹泻，里急后重等症状。
肛周脓肿初期症状主要是哭闹，接触肛门或排便时哭闹加重。随着脓肿形成，可以见到肛周红色肿块，起初肿块质硬，逐渐肿块中间变软破溃溢脓，形成肛瘘，这时患儿哭闹减少，破溃口会反复溢脓。婴儿肛周脓肿大多发生于腹泻患儿，形成脓肿时间较短，2-3天可以见到肿块。婴儿肛门护理十分重要，排便后及时清洁肛门，吸水性能好的湿巾湿布蘸净水分，不要反复擦拭，擦拭肛门不当，容易引起损伤。
肛周脓肿术后形成肛瘘的症状有瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能完全治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能完全治好肛瘘。
发热是肛周脓肿的早期症状，局部会出现红肿并伴有发热现象，常为低热，有时可出现高热。还会有全身倦怠不适，食欲不振，睡眠欠佳等症状。肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且会逐渐加重，行走不便，端坐受限。