肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘术后应注意休息，忌食辛辣厚味食物，以营养丰富易于消化食物为宜，如牛奶，鸡蛋，青菜，水果等。多吃含优质蛋白质、维生素C、E，蛋白质是人体除骨骼外的构成成分，VC+蛋白质是形成血红蛋白皮肤的主要成分，VE可以帮助伤口更好的愈合不易留下太大的伤痕。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
肛瘘症的治疗：1.外治：用消肿止痛洗剂坐浴，外涂药膏。2.使用抗生素：急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
肛瘘初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。但是随着肛瘘病情的加重，病人久而久之还会出现一些其它症状甚至是全身症状。
