肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛。其他症状：部分出现大小便不畅、纳差、失眠。诊断依据：肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧。
肛周囊肿会出现红肿热痛四大症状，可以局部发热，也可以引起全身的发热，温度最高时可达到39度以上，会感到乏力，小便困难，大便困难，排便不尽感，便意明显。平时多注意喝水。
对于肛周脓肿需要手术治疗才可以恢复。如果局部红肿消失，没有隆起，手术切口或破溃口完全愈合，无窦道形成，无发烧的情况，则提示可能已经有好转了。多吃新鲜蔬菜和水果，不吃辛辣食物，忌烟酒。
肛周囊肿的早期症状有周身不适、发热寒战、体温升高等全身中毒症状。局部见肛门一侧肿胀、发红、灼痛、跳痛、压痛、坐卧不安，活动和排便时痛加重，有排尿困难等。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。直肠周围脓肿最主要表现是局部坠胀和便意感，发热常见，最高可超过40°。
肛周囊肿症状主要表现为疼痛，根据脓肿位置不同，表现也有所不同。盆膈肌下方脓肿位置较浅，疼痛较重且为跳痛，影响行走和下坐。盆膈肌上方脓肿位置较深、疼痛较轻，多为胀痛。排便时疼痛加剧，可伴排尿困难。肛周囊肿症状还表现为寒战、发热、头痛、周身不适、脉速等。
肛周脓肿早期主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不显，局部检查：肛旁皮肤有明显红肿，伴硬结和触痛。脓肿成熟后可有波动感，必要时可行穿刺证实，如不及时切开，常自行破溃，形成低位肛瘘，感染也可向上穿透肛周筋膜，扩散至坐骨直肠窝。