肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘可以通过手术治疗。治疗的方法有肛瘘切开和切除术、切断肛管直肠环和括约肌、姑息切除术等，这些传统手术方法弊端较多，如切断肛管直肠环和括约肌手术过程会损伤括约肌导致大便失禁，而姑息疗法虽然不切断外括约肌但切不完全。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁．同时避免瘘的复发。
肛瘘术后的时间的长短，与瘘管的大小，病情的复杂程度，病人的体质情况及手术方法有密切关系，单纯性低位肛瘘，大约需三周左右的时间才能渐愈。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。术后不宜禁食，应给软质普食，不要因为恐惧大便时疼痛而禁食或少食。宜食蜂蜜，每日清晨空腹服蜂蜜一杯，其有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等。
预防肛瘘的办法有很多，比如第一，肛门灼热不适，肛门下坠者要及时的查清原因，及时的治疗。第二，及时的治疗肛窦炎、肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围的脓肿及其肛瘘。第三，要养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴，保持肛门的清洁，对预防感染有积极的作用。
肛瘘一般是肛周脓肿演变而来，有内口和外口，内口位置不同手术方式也不同，术后要积极抗感染，保持肛门部卫生，每天坐浴。加强护理，避免劳累，避免紧张焦虑，防止情绪波动，饮食要清淡，不要吃过多辛辣食物和过于油腻的食物。
